Reiniciar clave MySQL

Detener mysqld y reiniciarlo con:

 mysqld --skip-grant-tables --user=root &

Conectarse al mysql con:

 mysql -u root

Cambiar la clave de root con:

 UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD('newpwd') WHERE User='root';
 FLUSH PRIVILEGES;

Apagar el mysql y reiniciarlo en forma normal.

Ref: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/resetting-permissions.html